Homology and Molecular Dynamics Models of Toll‐Like Receptor 7 Protein and Its Dimerization
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Toll-like receptor protein 7 is a transmembrane protein playing a crucial role in the signaling pathways involved in innate immunity. Its crystal structure is not yet available, but there are several proteins possessing domains of sufficiently high homology, which enabled us to build a model of the toll-like receptor protein 7 monomer and gain insights into dimer formation. To obtain a reliable structure prediction, we subjected this model to equilibration using molecular dynamics simulations. Furthermore, the equilibrated monomer structure was used to construct models of dimerization and to predict binding sites for small ligands. Docking studies were performed for some of the known toll-like receptor protein 7 ligands. We determined that a new homology model generated by the LOOPP server provides a good alternative to a previously reported model. Our docking results indicate that the addition of either imiquimod or 1V209 to a toll-like receptor protein 7 dimer changes an unfavorable interaction into a favorable one. We found that eight small molecules docked to two pockets in toll-like receptor protein 7 bind to both pockets at pH 7 and at pH 5.5. This work provides a realistic model that could be used for drug discovery aimed at finding toll-like receptor protein 7 dimerization activators, with potential clinical applications to a host of diseases, including cancer.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle