Molecular evolution of phytoplasmas based on polymorphisms in the 16S rRNA genes and the 16/23S spacer regions
Notice bibliographique
Résumé
This paper describes the reclassification and molecular evolution of phytoplasmas based on nucleotide sequence analysis of the 16S rRNA and 16/23S spacer region. Analyses of the secondary structure of 16S rRNA among 23 phytoplasmas revealed 308 polymorphisms of which two thirds were located in nine highly variable regions. The 16/23S spacer region comprised two highly conserved regions and a highly conserved tRNAIle gene. Nucleotide deletion/insertions of various lengths occurred only between the highly conserved regions, resulting in 16/23S spacer regions with varying lengths among different phytoplasmas. Phylogenetic analysis on the alignments of secondary structure of 16S rRNA established a tree with ten major groups that had high confidence values. The branching patterns and differences in the 16S rRNA sequence homology greater than 2.5% established 10 major groups among the 23 phytoplasmas. We hypothesize that phytoplasmas evolved independently from a common ancestor into two branches: one branch consisting of the aster yellows and stolbur groups, and the others as a second branch.(Communicated by Eishiro SHIKATA, M. J. A., June 10, 2003)
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».