Synthesis, characterization, and biological properties of small branched RNA fragments containing chiral (R<sub>p</sub>and S<sub>p</sub>) 2′,5′-phosphorothioate linkages
Notice bibliographique
Résumé
Synthetic branched RNA fragments were prepared to examine the stereochemical requirements for hydrolysis of RNA lariats by the yeast debranching enzyme (yDBR). Specifically, two branched trinucleoside diphosphates and a tetranucleoside triphosphate containing a 2',5'-linked phosphorothioate linkage of defined stereochemistry, namely Rp-A(2'ps5'G)pC, Sp-A(2'ps5'G)pC and Sp-ApA(2'ps5'G)pC, were prepared via solution-phase methods. Unlike the all-phosphodiester control, A(2'p5'G)pC, the Rp-thioated trimer was not cleaved by yDBR, demonstrating that changing the pro-Rp oxygen at the 2',5' phosphodiester bond averts hydrolysis by the enzyme. In contrast, the Sp branched compounds (trimer and tetramer) were cleaved yDBR, albeit with reduced efficiency relative to the corresponding all-phosphodiester branched compounds. Furthermore, the small branched RNAs (5 nt) were not cleaved as efficiently as a 18-nt bRNA, suggesting that the enzyme appears to have a stronger preference for larger bRNA substrates. The non-hydrolyzable branched RNA fragments prepared during these studies may be promising candidates for the future co-crystallization and X-ray analyses of DBR:bRNA complexes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».