Analysis of K<sup>+</sup>/Na<sup>+</sup>selectivity of KcsA potassium channel with reference interaction site model theory
Notice bibliographique
Résumé
Abstract As a preliminary approach, we have successfully analysed K+/Na+ selectivity of the KcsA potassium channel for the most selective ion occupancy state (1010) at the atomic level by using the reference interaction site model (RISM) integral equation theory [Q. Cui, V.H. Smith, Chem. Phys. Lett. 365, 110 (2002)]. With similar methods, in this paper, we analyse seven other most relevant ion occupancy states: (0101), (0110), (1001), (1000), (0100), (0010) and (0001). By analysing all the most relevant states, we are able to characterize some dynamic properties of the systems. More detailed solvation structures of the selectivity filter are presented and more solvation energetic data are obtained and compared with the available molecular dynamics simulation data. We predict consistent results with the simulations in that ions are best dehydrated at binding site 2. For ion occupancy states of most interest, we obtain good relative solvation free energies in comparison with the simulation data. The results in this paper further support the conclusion in our previous paper that the selectivity filter favours K+ over Na+ from the point of view of solvation. Acknowledgments This research was supported in part by the Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada (NSERC). QC wishes to thank the Ontario Ministry of Training, Colleges and Universities for its support by means of an Ontario Graduate Scholarship. We thank Stephen Kim and Dr. Donald Weaver for helpful discussions at an early stage of this work. Notes Present address: Department of Molecular Biology, The Scripps Research Institute, La Jolla, CA92037, USA. Additional informationNotes on contributorsVedene H. Smith Present address: Department of Molecular Biology, The Scripps Research Institute, La Jolla, CA92037, USA.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».