Cross-Species Protein Interactome Mapping Reveals Species-Specific Wiring of Stress Response Pathways
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The fission yeast Schizosaccharomyces pombe has more metazoan-like features than the budding yeast Saccharomyces cerevisiae, yet it has similarly facile genetics. We present a large-scale verified binary protein-protein interactome network, "StressNet," based on high-throughput yeast two-hybrid screens of interacting proteins classified as part of stress response and signal transduction pathways in S. pombe. We performed systematic, cross-species interactome mapping using StressNet and a protein interactome network of orthologous proteins in S. cerevisiae. With cross-species comparative network studies, we detected a previously unidentified component (Snr1) of the S. pombe mitogen-activated protein kinase Sty1 pathway. Coimmunoprecipitation experiments showed that Snr1 interacted with Sty1 and that deletion of snr1 increased the sensitivity of S. pombe cells to stress. Comparison of StressNet with the interactome network of orthologous proteins in S. cerevisiae showed that most of the interactions among these stress response and signaling proteins are not conserved between species but are "rewired"; orthologous proteins have different binding partners in both species. In particular, transient interactions connecting proteins in different functional modules were more likely to be rewired than conserved. By directly testing interactions between proteins in one yeast species and their corresponding binding partners in the other yeast species with yeast two-hybrid assays, we found that about half of the interactions that are traditionally considered "conserved" form modified interaction interfaces that may potentially accommodate novel functions.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle