Role of Met-542 as a guide for the conformational changes of Phe-601 that occur during the reaction of β-galactosidase (<i>Escherichia coli</i>)
Notice bibliographique
Résumé
The Met-542 residue of β-galactosidase is important for the enzyme's activity because it acts as a guide for the movement of the benzyl side chain of Phe-601 between two stable positions. This movement occurs in concert with an important conformational change (open vs. closed) of an active site loop (residues 794-803). Phe-601 and Arg-599, which interact with each other via the π electrons of Phe-601 and the guanidium cation of Arg-599, move out of their normal positions and become disordered when Met-542 is replaced by an Ala residue because of the loss of the guide. Since the backbone carbonyl of Phe-601 is a ligand for Na(+), the Na(+) also moves out of its normal position and becomes disordered; the Na(+) binds about 120 times more poorly. In turn, two other Na(+) ligands, Asn-604 and Asp-201, become disordered. A substrate analog (IPTG) restored Arg-599, Phe-601, and Na(+) to their normal open-loop positions, whereas a transition state analog d-galactonolactone) restored them to their normal closed-loop positions. These compounds also restored order to Phe-601, Asn-604, Asp-201, and Na(+). Binding energy was, however, necessary to restore structure and order. The K(s) values of oNPG and pNPG and the competitive K(i) values of substrate analogs were 90-250 times higher than with native enzyme, whereas the competitive K(i) values of transition state analogs were ~3.5-10 times higher. Because of this, the E•S energy level is raised more than the E•transition state energy level and less activation energy is needed for galactosylation. The galactosylation rates (k₂) of M542A-β-galactosidase therefore increase. However, the rate of degalactosylation (k₃) decreased because the E•transition state complex is less stable.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».