Abstract 4591: Whole genome sequencing of SHH medulloblastomas predicts molecular groups of responders and non-responders to SMO-inhibition .
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Recently, we and others analyzed large series of pediatric medulloblastomas (MB) and identified a number of recurrent aberrations in each of the four major subgroups (WNT, SHH, Group 3 and Group 4). However, due to their infrequent occurrence not much is known about genetic aberrations in adult MBs. We now have analyzed a large series of adult SHH MBs (age ≥ 16) by whole genome sequencing and compared them with pediatric SHH MBs. We sequenced tumor and blood of 26 adult SHH MBs and compared them with 30 pediatric SHH MBs. A replication cohort of 28 adult and 29 pediatric SHH MBs was sequenced for 414 genes by targeted sequencing. We also performed expression profiling and DNA methylation analyses on most of these cases. Whole genome sequencing revealed a clear correlation between mutation rate and age of the patient (r = 0.69). Furthermore, the genomic data showed that SHH MBs can be split up in three distinct subgroups: infants, children and adults. They all have mutations in the SHH pathway, mostly in PTCH1 (infants and adults), SUFU (infants) and SMO (adults). Children almost completely lack the classical upstream SHH pathway mutations but instead have more downstream aberrations such as MYCN and GLI2 mplifications, and have frequent TP53 mutations, often in the germline, whilst all of these were extraordinarily rare in infants and adults. We also identified several recurrent mutations in adult MBs that were not found in pediatric MBs. Moreover, the three SHH subgroups were different in their transcriptome and methylome with the TP53 mutated SHH MBs in children being more similar to adult MBs. Collectively, this data will help to better understand the biology of pediatric and adult SHH-medulloblastoma, but most importantly may help selecting patients for targeted SHH inhibition and new treatment strategies for TP53 mutated SHH MBs in a clinical setting. Citation Format: Marcel Kool, David TW Jones, Natalie Jaeger, Paul A. Northcott, Volker Hovestadt, Ulrich Schueller, Marc Remke, Yoon-Jae Cho, Scott Pomeroy, Michael D. Taylor, Roland Eils, Andrey Korshunov, Peter Lichter, Stefan M. Pfister. Whole genome sequencing of SHH medulloblastomas predicts molecular groups of responders and non-responders to SMO-inhibition . [abstract]. In: Proceedings of the 104th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2013 Apr 6-10; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2013;73(8 Suppl):Abstract nr 4591. doi:10.1158/1538-7445.AM2013-4591
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».