Proposed Systematic Nomenclature for Orbitides
Notice bibliographique
Résumé
Orbitides are short (5-11 amino acid residue), ribosomally synthesized homodetic plant cyclic peptides characterized by N-to-C amide bonds rather than disulfide bonds. Orbitides can be discovered using mass spectrometry of plant extracts or by identifying DNA sequences coding for the precursor protein. The number of orbitides that have been characterized to date, by a number of different research groups, is modest. The nomenclatural system currently used for the Type VI cyclic peptides has been developed in an ad hoc fashion and is somewhat arbitrary. We propose a systematic naming system specifically for the Type VI cyclic peptides that reflects the taxonomic name of the species producing the orbitides and a numbering system that enables systematic representation of amino acid residues and modifications. The proposed naming system emulates the IUPAC Nomenclature for Natural Products and UniProt, both of which use abbreviations of taxonomic names for the compounds in question. Nomenclature for post-translational modifications also follows the IUPAC precedent, as well as the cyclic peptide literature. Furthermore, the proposed system aims to maintain agreement with the precedents set by the pre-existing literature. An example of the proposed nomenclature is provided using the methionine-containing homodetic peptides of Linum usitatissimum (flaxseed).
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,003 |
| Communication savante | 0,004 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,010 | 0,013 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».