Genome Plasticity and ori-ter Rebalancing in Salmonella typhi
Notice bibliographique
Résumé
Genome plasticity resulting from frequent rearrangement of the bacterial genome is a fascinating but poorly understood phenomenon. First reported in Salmonella typhi, it has been observed only in a small number of Salmonella serovars, although the over 2,500 known Salmonella serovars are all very closely related. To gain insights into this phenomenon and elucidate its roles in bacterial evolution, especially those involved in the formation of particular pathogens, we systematically analyzed the genomes of 127 wild-type S. typhi strains isolated from many places of the world and compared them with the two sequenced strains, Ty2 and CT18, attempting to find possible associations between genome rearrangement and other significant genomic features. Like other host-adapted Salmonella serovars, S. typhi contained large genome insertions, including the 134 kb Salmonella pathogenicity island, SPI7. Our analyses showed that SPI7 disrupted the physical balance of the bacterial genome between the replication origin (ori) and terminus (ter) when this DNA segment was inserted into the genome, and rearrangement in individual strains further changed the genome balance status, with a general tendency toward a better balanced genome structure. In a given S. typhi strain, genome diversification occurred and resulted in different structures among cells in the culture. Under a stressed condition, bacterial cells with better balanced genome structures were selected to greatly increase in proportion; in such cases, bacteria with better balanced genomes formed larger colonies and grew with shorter generation times. Our results support the hypothesis that genome plasticity as a result of frequent rearrangement provides the opportunity for the bacterial genome to adopt a better balanced structure and thus eventually stabilizes the genome during evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».