Haplotype Study of Intermediate-Length Alleles at the Fragile X (FMR1) Gene: ATL1, FMRB, and Microsatellite Haplotypes Differ from Those Found in Common-Size FMR1 Alleles
Notice bibliographique
Résumé
The CGG repeat within the X-chromosome-linked FMR1 gene, which in hyperexpansion (> 200 copies) results in fragile X syndrome, is highly polymorphic. The mechanism of expansion is not well understood, but CGG repeats called intermediate-length or gray zone alleles (approximately equal 35-60 repeats) are thought to make up the FMR1 alleles showing initial steps in this expansion process. It has been hypothesized that the background haplotype of these alleles plays a role in their susceptibility to expansion. In this study we investigate whether or not the frequencies of alleles and haplotypes at four marker loci in the FMR1 gene region (microsatellites DXS548 and FRAXAC1 and SNPs ATL1 and FMRb) in 84 intermediate-length male chromosomes differ from those in 94 common-size male alleles. The ATL1*G and FMRB*A alleles were more frequent among intermediate-length alleles than among common alleles. In addition, the DXS548-FRAXAC1 T50-T42 and T40-T42 haplotypes were strongly associated with intermediate-length alleles between 41 and 60 CGG repeats (p < 0.001). Two extended haplotypes, DXS548-FRAXAC1-ATL1-FMRb T50-T42-G-A and T40-T42-G-A, are strongly associated (p < 0.001) with intermediate-length alleles between 41 and 60 CGG repeats, and these haplotypes have also been reported as fragile X associated haplotypes in European populations. These data suggest that these haplotypes are among the most susceptible to further expansion among the intermediate-length alleles. T50-T42-G-A was also much more prevalent in males with 35-40 CGG repeats than in males with common-size alleles. ATL1 did not increase discrimination among intermediate-length alleles beyond that detected by DXS548-FRAXAC1 haplotypes, but the FMRb locus did, particularly for the DXS548-FRAXAC1-ATL1 T50-T42-G and T40-T42-G haplotypes. Comparison with fragile X associated haplotypes, from the literature, suggests that repeat hyperexpansion occurs most frequently on chromosomes carrying FMRB*A. Within the intermediate-length allele category, however, there were some significant differences in haplotype frequencies between smaller and larger alleles, and this finding has implications for future studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».