Functional DNA methylation in a transcript specific 3′UTR region of TrkB associates with suicide
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Notice bibliographique
Résumé
Previous studies indicate that a subgroup of suicide completers has low cortical brain expression levels of TrkB-T1, a TrkB gene transcript that is highly expressed in astrocytes. Epigenetic modifications, including methylation changes in the TrkB promoter, partially explain TrkB-T1 low expression levels in brain tissue from suicide completers. The aim of this study was to investigate whether methylation changes in other regions of the TrkB gene could also contribute to the significant downregulation of the TrkB-T1 transcript observed in the brain of suicide completers. Methylation levels were assessed on BA8/9 from suicide completers expressing low TrkB-T1 transcript levels and controls, using custom-made Agilent arrays tiling the whole TrkB gene. After statistical correction for multiple testing, five probes located in the TrkB-T1 3'UTR region were found hypermethylated in the frontal cortex of suicide completers. These results were validated for four CpGs spanning a 150 bp sequence by cloning and Sanger sequencing bisulfite treated DNA. We found a significant correlation between the methylation level at these four CpGs and TrkB-T1 expression in BA8/9. Site-specific hypermethylation on this 3'UTR sequence induced decreased luciferase activity in reporter gene cell assays. Site-specific differential methylation in the TrkB-T1 3'UTR region associates with functional changes in TrkB-T1 expression and may play a significant role in the important decrease of cortical TrkB-T1 expression observed among suicide completers.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle