Variability in the PR and RT Genes of HIV-1 Isolated from Recently Infected Subjects
Notice bibliographique
Résumé
To study variability in reverse transcriptase (RT) and protease (PR) genes of HIV-1 isolated from recently infected patients identified between 1997 and 2003, sequences were obtained on the RT and PR genes of viruses harvested from plasma of 121 non-treated subjects who had undergone primary HIV infection. The degree of dissimilarity between the viruses studied and a reference HIV-1 subtype B strain (LAV-1) was calculated for each of RT and PR by counting all of the nucleotide substitutions that could be identified. Mutations associated with drug resistance were excluded from analysis. We observed a mean percentage of variation in the RT and PR genes of the viruses analysed of 0.42% between the years 1997--2003 (P<0.01). In PR, the mean variation was 0.71% (P<0.05), while that in RT was 0.3% (P<0.05). Increased diversity was also observed among nucleotides conferring amino-acid changes, although no significant differences in patterns of nucleotide substitutions were apparent over the period of analysis. In conclusion, variability in the RT and PR genes of viruses from recently infected patients has increased over time in a manner that is independent of variability attributable to HIV drug resistance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».