Nanomolar versus Millimolar Inhibition by Xylobiose-Derived Azasugars: Significant Differences between Two Structurally Distinct Xylanases
Notice bibliographique
Résumé
The synthesis of xylobiose-derived nitrogen-containing inhibitors of xylanase is described starting with accessible precursors through efficient synthetic schemes. Four disaccharides were identified as powerful competitive inhibitors of the retaining family 10 xylanase, Cex, from Cellulomonas fimi, namely imidazole ( K i = 150 nM), lactam oxime ( K i = 370 nM), isofagomine ( K i = 130 nM), and deoxynojirimycin ( K i = 5800 nM) derivatives of xylobiose. By contrast, none of the compounds inhibited the family 11 xylanase, Bcx, from Bacillus circulans, to an appreciable extent. Two possible explanations are provided for the discrimination exhibited by the imidazole and the lactam oxime. One explanation relates to the different active site locations of the acid/base residue in the two enzymes: anti to the C1−O5 bond for the family 10 Cex and syn for the family 11 Bcx. The other explanation concerns proposed differences in the transition state conformation for the two enzymes: half-chair for Cex and boat for Bcx. The reasons for the difference in inhibition values between Cex and Bcx for the isofagomine and deoxynojirimycin derivatives are less clear-cut but may be ascribed to destabilizing steric and electrostatic interactions between the inhibitors and an essential tyrosine residue in the active site of Bcx.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».