Detection of<i>Ralstonia solanacearum</i>in ginger rhizomes by real-time PCR
Notice bibliographique
Résumé
Bacterial wilt of ginger (Zingiber officinale), caused by Ralstonia solanacearum (Rs), has emerged as an important disease of ginger production in Thailand and throughout Asia. Real-time PCR assays were developed for detection of Rs in ginger rhizomes. A unique 329-bp DNA fragment from Rs biovar 4 from ginger was identified using amplified fragment length polymorphisms, and the nucleotide sequence was determined. PCR primer and probe sequences were designed for real-time PCR assays and screened against 86 strains of Rs. The primers RSAF1 and RSAR1 and probe RSP1 were shown to react with all strains of Rs race 1 biovars 3 and 4 but not biovars 1 and 2. Real-time TaqMan® PCR protocols were developed for two real-time PCR platforms, the ABI 7700 sequence detection system (Applied Biosystems, Foster City, Calif.) and the portable Smart Cycler (Cepheid, Sunnyvale, Calif.). A comparison between classical real-time PCR and real-time BIO-PCR protocols, using 15 asymptomatic ginger rhizomes collected from different fields and markets, showed that 13 and 9 were positive by standard PCR and BIO-PCR, respectively. This is the first description of a real-time PCR assay capable of detecting Rs in asymptomatic ginger rhizomes and the first report of Rs in asymptomatic ginger rhizomes being sold in markets in Thailand.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».