Genomic Analysis of Highly Virulent Georgia 2007/1 Isolate of African Swine Fever Virus
Notice bibliographique
Résumé
African swine fever (ASF) is widespread in Africa but has occasionally been introduced into other continents.In June 2007, ASF was isolated in the Caucasus Region of the Republic of Georgia and subsequently in neighboring countries (Armenia, Azerbaijan, and 9 states of the Russian Federation).Previous data for sequencing of 3 genes indicated that the Georgia 2007/1 isolate is closely related to isolates of genotype II, which has been identified in Mozambique, Madagascar, and Zambia.We report the complete genomic coding sequence of the Georgia 2007/1 isolate and comparison with other isolates.A genome sequence of 189,344 bp encoding 166 open reading frames (ORFs) was obtained.Phylogeny based on concatenated sequences of 125 conserved ORFs showed that this isolate clustered most closely with the Mkuzi 1979 isolate.Some ORFs clustered differently, suggesting that recombination may have occurred.Results provide a baseline for monitoring genomic changes in this virus.African swine fever (ASF) is a hemorrhagic fever in domestic pigs that causes serious economic losses and high mortality rates.ASF is currently endemic to many countries in sub-Saharan Africa and the island of Sardinia in Europe and was endemic to Spain and Portugal from 1960 until the mid 1990s.It is still endemic to Madagascar since its introduction in 1998.Sporadic ASF outbreaks have occurred in Brazil, the Caribbean region, the Indian Ocean island of Mauritius, and countries in Europe (1).There is no vaccine against ASF, and disease control relies on rapid diagnosis and implementation of quarantine and slaughter policies.African swine
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».