The bZIP Targets Overlapping DNA Subsites within a Half-Site, Resulting in Increased Binding Affinities
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
We previously reported that the wt bZIP, a hybrid of the GCN4 basic region and C/EBP leucine zipper, not only recognizes GCN4 cognate site AP-1 (TGACTCA) but also selectively targets noncognate DNA sites, in particular the C/EBP site (TTGCGCAA). In this work, we used electrophoretic mobility shift assay and DNase I footprinting to investigate the factors driving the high affinity between the wt bZIP and the C/EBP site. We found that on each strand of the C/EBP site, the wt bZIP recognizes two 4 bp subsites, TTGC and TGCG, which overlap to form the effective 5 bp half-site (TTGCG). The affinity of the wt bZIP for the overall 5 bp half-site is >or=10-fold stronger than that for either 4 bp subsite. Our results suggest that interactions of the wt bZIP with both subsites contribute to the strong affinity at the overall 5 bp half-site and, consequently, the C/EBP site. Accordingly, we propose that the wt bZIP undergoes conformational changes to slide between the two overlapping subsites on the same DNA strand and establish sequence-selective contacts with the different subsites. The proposed binding mechanism expands our understanding of what constitutes an actual DNA target site in protein-DNA interactions.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle