The bZIP Targets Overlapping DNA Subsites within a Half-Site, Resulting in Increased Binding Affinities
Notice bibliographique
Résumé
We previously reported that the wt bZIP, a hybrid of the GCN4 basic region and C/EBP leucine zipper, not only recognizes GCN4 cognate site AP-1 (TGACTCA) but also selectively targets noncognate DNA sites, in particular the C/EBP site (TTGCGCAA). In this work, we used electrophoretic mobility shift assay and DNase I footprinting to investigate the factors driving the high affinity between the wt bZIP and the C/EBP site. We found that on each strand of the C/EBP site, the wt bZIP recognizes two 4 bp subsites, TTGC and TGCG, which overlap to form the effective 5 bp half-site (TTGCG). The affinity of the wt bZIP for the overall 5 bp half-site is >or=10-fold stronger than that for either 4 bp subsite. Our results suggest that interactions of the wt bZIP with both subsites contribute to the strong affinity at the overall 5 bp half-site and, consequently, the C/EBP site. Accordingly, we propose that the wt bZIP undergoes conformational changes to slide between the two overlapping subsites on the same DNA strand and establish sequence-selective contacts with the different subsites. The proposed binding mechanism expands our understanding of what constitutes an actual DNA target site in protein-DNA interactions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».