A Substrate-Assisted Mechanism of Nucleophile Activation in a Ser–His–Asp Containing C–C Bond Hydrolase
Notice bibliographique
Résumé
The meta-cleavage product (MCP) hydrolases utilize a Ser-His-Asp triad to hydrolyze a carbon-carbon bond. Hydrolysis of the MCP substrate has been proposed to proceed via an enol-to-keto tautomerization followed by a nucleophilic mechanism of catalysis. Ketonization involves an intermediate, ES(red), which possesses a remarkable bathochromically shifted absorption spectrum. We investigated the catalytic mechanism of the MCP hydrolases using DxnB2 from Sphingomonas wittichii RW1. Pre-steady-state kinetic and LC ESI/MS evaluation of the DxnB2-mediated hydrolysis of 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoic acid to 2-hydroxy-2,4-pentadienoic acid and benzoate support a nucleophilic mechanism catalysis. In DxnB2, the rate of ES(red) decay and product formation showed a solvent kinetic isotope effect of 2.5, indicating that a proton transfer reaction, assigned here to substrate ketonization, limits the rate of acylation. For a series of substituted MCPs, this rate was linearly dependent on MCP pKa2 (βnuc ∼ 1). Structural characterization of DxnB2 S105A:MCP complexes revealed that the catalytic histidine is displaced upon substrate-binding. The results provide evidence for enzyme-catalyzed ketonization in which the catalytic His-Asp pair does not play an essential role. The data further suggest that ES(red) represents a dianionic intermediate that acts as a general base to activate the serine nucleophile. This substrate-assisted mechanism of nucleophilic catalysis distinguishes MCP hydrolases from other serine hydrolases.
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Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».