Pathway analysis of <i>Candida albicans</i> survival and virulence determinants in a murine infection model
Notice bibliographique
Résumé
One potentially rich source of possible targets for antifungal therapy are those Candida albicans genes deemed essential for growth under the standard culture (i.e., in vitro) conditions; however, these genes are largely unexplored as drug targets because essential genes are not experimentally amenable to conventional gene deletion and virulence studies. Using tetracycline-regulatable promoter-based conditional mutants, we investigated a murine model of candidiasis in which repressing essential genes in the host was achieved. By adding doxycycline to the drinking water starting 3 days prior to (dox - 3D) or 2 days post (dox + 2D) infection, the phenotypic consequences of temporal gene inactivation were assessed by monitoring animal survival and fungal burden in prophylaxis and acute infection settings. Of 177 selected conditional shut-off strains tested, the virulence of 102 was blocked under both repressing conditions, suggesting that the corresponding genes are essential for growth and survival in a murine host across early and established infection periods. Among these genes were those previously identified as antifungal drug targets (i.e., FKS1, ERG1, and ERG11), verifying that this methodology can be used to validate potential new targets. We also identify genes either conditionally essential or dispensable for in vitro growth but required for survival and virulence, including those in late stage ergosterol synthesis, or early steps in fatty acid or riboflavin biosynthesis. This study evaluates the role of essential genes with respect to pathogen virulence in a large-scale, systems biology context, and provides a general method for gene target validation and for uncovering unexpected antimicrobial targets.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».