Structural Basis for Broad Neutralization of Hepatitis C Virus Quasispecies
Notice bibliographique
Résumé
Monoclonal antibodies directed against hepatitis C virus (HCV) E2 protein can neutralize cell-cultured HCV and pseudoparticles expressing envelopes derived from multiple HCV subtypes. For example, based on antibody blocking experiments and alanine scanning mutagenesis, it was proposed that the AR3B monoclonal antibody recognized a discontinuous conformational epitope comprised of amino acid residues 396-424, 436-447, and 523-540 of HCV E2 envelope protein. Intriguingly, one of these segments (436-447) overlapped with hypervariable region 3 (HVR3), a domain that exhibited significant intrahost and interhost genetic diversity. To reconcile these observations, amino-acid sequence variability was examined and homology-based structural modelling of E2 based on tick-borne encephalitis virus (TBEV) E protein was performed based on 413 HCV sequences derived from 18 subjects with chronic hepatitis C. Here we report that despite a high degree of amino-acid sequence variability, the three-dimensional structure of E2 is remarkably conserved, suggesting broad recognition of structural determinants rather than specific residues. Regions 396-424 and 523-540 were largely exposed and in close spatial proximity at the surface of E2. In contrast, region 436-447, which overlaps with HVR3, was >35 Å away, and estimates of buried surface were inconsistent with HVR3 being part of the AR3B binding interface. High-throughput structural analysis of HCV quasispecies could facilitate the development of novel vaccines that target conserved structural features of HCV envelope and elicit neutralizing antibody responses that are less vulnerable to viral escape.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».