A different approach to validating screening assays for developmental toxicity
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: There continue to be many efforts around the world to develop assays that are shorter than the traditional embryofetal developmental toxicity assay, or use fewer or no mammals, or use less compound, or have all three attributes. Each assay developer needs to test the putative assay against a set of performance standards, which traditionally has involved testing the assays against a list of compounds that are generally recognized as "positive" or "negative" in vivo. However, developmental toxicity is highly conditional, being particularly dependent on magnitude (i.e. dose) and timing of exposure, which makes it difficult to develop lists of compounds neatly assigned as developmental toxicants or not. APPROACH: Here we offer an alternative approach for the evaluation of developmental toxicity assays based on exposures. Exposures are classified as "positive" or "negative" in a system, depending on the compound and the internal concentration. Although this linkage to "internal dose" departs from the recent approaches to validation, it fits well with widely accepted principles of developmental toxicology. CONCLUSIONS: This paper introduces this concept, discusses some of the benefits and drawbacks of such an approach, and lays out the steps we propose to implement it for the evaluation of developmental toxicity assays.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,030 | 0,033 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,004 |
| Bibliométrie | 0,007 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,006 |
| Communication savante | 0,005 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,005 | 0,007 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».