<i>horA</i>-Specific Real-Time PCR for Detection of Beer-Spoilage Lactic Acid Bacteria
Notice bibliographique
Résumé
AbstractBeer-spoilage bacteria have long been a problem for brewers. Among the most problematic beer spoilers are several species of the Gram-positive genera Lactobacillus and Pediococcus. Current methods of detecting and identifying these organisms are time-consuming and do not differentiate between bacteria capable of spoiling beer and benign bacteria. The horA-specific real-time polymerase chain reaction (rPCR) described here identifies beer-spoilage organisms based not on their identity, but on the presence of a gene that we show to be highly correlated with the ability of an organism to grow in beer. The horA hop-resistance gene has been shown to be associated with beer spoilage by isolates from four Lactobacillus spp. and one Pediococcus sp. We document the presence of the horA gene in one additional genus and 11 additional species, with many of these bacteria commonly found as beer spoilers. The use of horA-specific rPCR allows for a substantial reduction in the time required for detection of potential beer spoilage bacteria and efficiently discriminates between those organisms that have the horA gene (highly likely to spoil beer) and those organisms that do not have the gene (much less likely to spoil beer).RESUMENLas bacterias dañinas a la cerveza han sido un problema para cerveceros por mucho tiempo. Entre la más problemática organismos dañinas a la cerveza son varias especies Gram-positiva del género Lactobacillus y Pediococcus. Los métodos actuales de detectar y de identificar estos organismos son desperdiciadores de tiempo y no distinguen entre las bacterias capaces de deteriorar la cerveza y bacterias benignas. La horA-específica reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (rPCR) descrita aquí identifica los organismos dañinos a la cerveza basada no en su identidad, sino en la presencia de un gene que demostremos para ser correlacionados fuertemente con la capacidad de un organismo de crecer en cerveza. El gene horA de lúpulo-resistencia se ha demostrado para ser asociado con la deterioración de cerveza por los aislados de cuatro especies de Lactobacillus y una especie de Pediococcus. Documentamos la presencia del gene horA en un género adicional y 11 especies adicionales, con muchas de estas bacterias encontradas comúnmente como bacterias dañinas a la cerveza. El uso del rPCR horA-específico permite una reducción substancial en el tiempo requerido para la detección de las bacterias con potencial a deteriorar la cerveza y discrimina eficientemente entre esos organismos que tengan el gene horA (altamente probable estropear la cerveza) y esos organismos que no tienen el gene (mucho menos probable estropear la cerveza).KeywordsBeer spoilageHop resistancehorALactic acid bacteriaReal-time PCRPalabras clave: Bacterias ácido-lácticasDeterioración de la cervezahorAPCR en tiempo realResistencia de lúpuloView correction statement:Erratum
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».