Notice bibliographique
Résumé
We previously identified sequences downstream of the SL4 region of HIV-1 RNA that are involved in the recognition of the 5' leader region of HIV-1 RNA by a minimal version of the HIV-1 Gag protein (mGag). These sequences increase the affinity of this interaction, promote Gag multimerization, and enhance formation of an early mGag-RNA complex. Now, we provide protein footprinting results on the +350 to +500 nucleotide region of viral RNA, based on use of different single-stranded and base-paired ribonucleases. Use of the mfold program confirmed the existence of both a stem-loop 5 (SL5), downstream of SL4, and a more complex multi-stem-loop structure (SL6). Footprinting analysis using mGag and single-stranded-specific nucleases showed almost complete protection of the single-stranded region. In contrast, results obtained with RNase V1, a double-stranded-specific nuclease, suggest that the RNA structure is changed upon protein binding, presumably because of formation of novel and longer stems. Furthermore, RNA footprinting, using viral nucleocapsid protein (NC) and RNase VI, indicate a highly double-stranded structure in several regions. These findings show that viral RNA structure is modified by interaction with proteins, and that NC may possess different chaperone activity in the context of the Gag precursor than in its mature form.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».