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Enregistrement W2087325751 · doi:10.1096/fj.08-120998

Functional characterization of a promoter polymorphism that drives ACSL5 gene expression in skeletal muscle and associates with diet‐induced weight loss

2009· article· en· W2087325751 sur OpenAlexafffund
Allen C. T. Teng, Kristi B. Adamo, Frédérique Tesson, Alexandre F.R. Stewart

Notice bibliographique

RevueThe FASEB Journal · 2009
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAdipose Tissue and Metabolism
Établissements canadiensChildren's Hospital of Eastern OntarioCanadian Heart Research CentreUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésMyoDAlleleBiologySkeletal muscleSingle-nucleotide polymorphismEndocrinologyGeneticsPromoterGeneInternal medicineTranscription factorGene expressionMolecular biologyGenotypeMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Diet-induced weight loss is affected by a wide range of factors, including genetic variation. Identifying functional polymorphisms will help to elucidate mechanisms that account for variation in dietary metabolism. Previously, we reported a strong association between a common single nucleotide polymorphism (SNP) rs2419621 (C>T) in the promoter of acyl-CoA synthetase long chain 5 (ACSL5), rapid weight loss in obese Caucasian females, and elevated ACSL5 mRNA levels in skeletal muscle biopsies. Here, we showed by electrophoretic mobility shift assay (EMSA) that the T allele creates a functional cis-regulatory E-box element (CANNTG) that is recognized by the myogenic regulatory factor MyoD. The T allele promoted MyoD-dependent activation of a 1089-base pair ACSL5 promoter fragment in nonmuscle CV1 cells. Differentiation of skeletal myoblasts significantly elevated expression of the ACSL5 promoter. The T allele sustained promoter activity 48 h after differentiation, whereas the C allele showed a significant decline. These results reveal a mechanism for elevated transcription of ACSL5 in skeletal muscle of carriers of the rs2419621(T) allele, associated with more rapid diet-induced weight loss. Natural selection favoring promoter polymorphisms that reduced expression of catabolic genes in skeletal muscle likely accounts for the resistance of obese individuals to dietary intervention.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,588
Score d'incertitude au seuil0,244

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,233
Écart entre enseignants0,217 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations25
Publié2009
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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