Single nucleotide extension technology for quantitative site-specific evaluation of metC/C in GC-rich regions
Notice bibliographique
Résumé
The development and use of high throughput technologies for detailed mapping of methylated cytosines (metC) is becoming of increasing importance for the expanding field of epigenetics. The single nucleotide primer extension reaction used for genotyping of single nucleotide polymorphisms has been recently adapted to interrogate the bisulfite modification induced 'quantitative' C/T polymorphism that corresponds to metC/C in the native DNA. In this study, we explored the opportunity to investigate C/T (and G/A) ratios using the Applied Biosystems (ABI) SNaPshot technology. The main effort of this study was dedicated to addressing the complexities in the analysis of DNA methylation in GC-rich regions where interrogation of the target cytosine can be confounded by variable degrees of methylation in other cytosines (resulting in variable C/T or G/A ratios after treatment with bisulfite) in the annealing site of the interrogating primer. In our studies, the mismatches of the SNaPshot primer with the target DNA sequence resulted in a biasing effect of up to 70% while these effects decreased as the location of the polymorphic site moved upstream of the target cytosine. We demonstrated that the biasing effect can be corrected with the SNaPshot primers containing degenerative C/T and G/A nucleotides. A series of experiments using various permutations of quantitative C/T and G/A polymorphisms at various positions of the target DNA sequence demonstrated that SNaPshot is able to accurately report cytosine methylation levels with <5% average SD from the true values. Given the relative simplicity of the method and the possibility to multiplex C/T and G/A interrogations, the SNaPshot approach may become a useful tool for large-scale mapping of metC.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».