High frequency of exon deletions and putative founder effects in French Canadian Lynch syndrome families
Notice bibliographique
Résumé
Lynch syndrome is one of the most common autosomal dominantly inherited cancer syndromes. Mutations in MLH1, MSH2, MSH6, and PMS2 account for greater than 98% of reported mutations in Lynch syndrome families. It has been reported that large genomic deletions in MLH1 and MSH2 are a frequent cause of Lynch syndrome in certain populations. Using a multimodal approach, we have identified mutations in MLH1, MSH2, and MSH6 in French Canadian families fulfilling the Amsterdam criteria for Lynch syndrome and who displayed abnormal staining for at least one of the Lynch syndrome proteins. Mutations were identified in 28 of our 29 French Canadian probands (97%). A total of 18 distinct mutations (nine in MLH1, seven in MSH2, two in MSH6) were identified, of which six (33%) were genomic exon deletions. Another four (22%) resulted in exon deletions in cDNA alone. Three (17%) are novel mutations. Five of these 18 mutations were detected in more than one distinct family (four in MLH1, one in MSH2) and haplotype analysis suggests the possibility of founder effects. Fifteen of the 29 (52%) families carried one of these five putative founder mutations. These findings may simplify genetic testing for Lynch syndrome in French Canadians.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».