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Enregistrement W2088827101 · doi:10.1021/bi026122g

Radical Formation at Tyr39 and Tyr153 Following Reaction of Yeast Cytochrome <i>c</i> Peroxidase with Hydrogen Peroxide

2002· article· en· W2088827101 sur OpenAlexaff
Haoming Zhang, Shouming He, A. Grant Mauk

Notice bibliographique

RevueBiochemistry · 2002
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueEnzyme-mediated dye degradation
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésChemistryRadicalCytochrome c peroxidaseHydrogen peroxidePeroxidaseResidue (chemistry)CatalysisPhotochemistryCytochrome cPeroxideYeastMass spectrometrySpin trappingStereochemistryEnzymeBiochemistryOrganic chemistryMitochondrion

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The formation of yeast cytochrome c peroxidase (CcP) compound I has been recognized for many years to be associated with formation of two protein-centered radicals. One of these radical sites is located at Trp191 and is directly involved in catalytic oxidation of ferrocytochrome c (Sivaraja, M., Goodin, D. B., Smith, M., Hoffman, B. M. (1989) Science 245, 738-740). The second radical has been proposed to arise from one or more tyrosyl residues of CcP. However, the tyrosyl residue (or residues) capable of forming this radical has not been identified, and the functional role of this radical remains poorly understood. In the present work, this issue has been addressed through the combined use of the spin-trapping reagent 2-methyl-2-nitrosopropane and peptide mapping by electrospray mass spectrometry to identify Tyr39 and Tyr153 as two tyrosyl residues that are capable of forming radical centers upon reaction of CcP with hydrogen peroxide. The implications of this observation to the catalytic mechanism of CcP are addressed with reference to the three-dimensional structure of CcP.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,007
Score d'incertitude au seuil0,187

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,177
Écart entre enseignants0,167 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations26
Publié2002
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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