DNA Aptamers Binding to Multiple Prevalent M-Types of <i>Streptococcus pyogenes</i>
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
This paper describes the selection of high affinity DNA aptamers binding to multiple M-types of the pathogenic species Streptococcus pyogenes (Group A Streptococcus or GAS). Unlike common aptamer selection techniques that use purified molecules of a monoclonal cell population as targets, this work has achieved the selection of aptamers against the various M-types of S. pyogenes. Cell mixtures containing equal numbers of the 10 most prevalent S. pyogenes M-types were incubated with 80-nucleotide DNA libraries, centrifuged, and washed to separate cell-bound from unbound DNA sequences. The DNA bound to the cells was amplified using the polymerase chain reaction, and the amplicons were tested for their binding to the target cells. The amplicons were also used as new DNA libraries for subsequent rounds of selection. Cloning, sequencing, and subsequent analysis of selected aptamers showed that they bind preferentially to GAS over other common and related bacteria. Resultant DNA aptamers showed strong and preferential binding to GAS, including the 10 most prevalent GAS M-types and another 10 minor M-types tested. Estimated K(d) values were in the range of 4 to 86 nM. Two aptamers, 20A24P and 15A3P (with estimated binding dissociation constants of 9 and 10 nM, respectively), are particularly promising. These aptamers could potentially be used to improve the detection of GAS, a pathogen that is the causative agent of many infectious diseases, most notably strep throat.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle