Dipolar Chemical Shift Correlation Spectroscopy for Homonuclear Carbon Distance Measurements in Proteins in the Solid State: Application to Structure Determination and Refinement
Notice bibliographique
Résumé
High-resolution solid-state NMR spectroscopy has become a promising tool for protein structure determination. Here, we describe a new dipolar-chemical shift correlation experiment for the measurement of homonuclear 13C-13C distances in uniformly 13C,15N-labeled proteins and demonstrate its suitability for protein structure determination and refinement. The experiments were carried out on the beta1 immunoglobulin binding domain of protein G (GB1). Both intraresidue and interresidue distances between carbonyl atoms and atoms in the aliphatic side chains were collected using a three-dimensional chemical shift correlation spectroscopy experiment that uses homogeneously broadened rotational resonance recoupling for carbon mixing. A steady-state approximation for the polarization transfer function was employed in data analysis, and a total of 100 intramolecular distances were determined, all in the range 2.5-5.5 A. An additional 41 dipolar contacts were detected, but the corresponding distances could not be accurately quantified. Additional distance and torsional restraints were derived from the proton-driven spin diffusion measurements and from the chemical shift analysis, respectively. Using all these restraints, it was possible to refine the structure of GB1 to a root-mean square deviation of 0.8 A. The approach is of general applicability for peptides and small proteins and can be easily incorporated into a structure determination and refinement protocol.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».