Dipolar Chemical Shift Correlation Spectroscopy for Homonuclear Carbon Distance Measurements in Proteins in the Solid State: Application to Structure Determination and Refinement
Notice bibliographique
Résumé
High-resolution solid-state NMR spectroscopy has become a promising tool for protein structure determination. Here, we describe a new dipolar-chemical shift correlation experiment for the measurement of homonuclear 13C-13C distances in uniformly 13C,15N-labeled proteins and demonstrate its suitability for protein structure determination and refinement. The experiments were carried out on the beta1 immunoglobulin binding domain of protein G (GB1). Both intraresidue and interresidue distances between carbonyl atoms and atoms in the aliphatic side chains were collected using a three-dimensional chemical shift correlation spectroscopy experiment that uses homogeneously broadened rotational resonance recoupling for carbon mixing. A steady-state approximation for the polarization transfer function was employed in data analysis, and a total of 100 intramolecular distances were determined, all in the range 2.5-5.5 A. An additional 41 dipolar contacts were detected, but the corresponding distances could not be accurately quantified. Additional distance and torsional restraints were derived from the proton-driven spin diffusion measurements and from the chemical shift analysis, respectively. Using all these restraints, it was possible to refine the structure of GB1 to a root-mean square deviation of 0.8 A. The approach is of general applicability for peptides and small proteins and can be easily incorporated into a structure determination and refinement protocol.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».