Population size and genome size in fishes: a closer look
Notice bibliographique
Résumé
The several thousand-fold range in genome size among animals has remained a subject of active research and debate for more than half a century, but no satisfactory explanation has yet been provided. Many one-dimensional models have been postulated, but so far none has been successful in accounting for observed patterns in genome size diversity. The recent model based on differences in effective population size appeared to gain empirical support with a study of genome size and inferred effective population size in fishes, but there were several questionable aspects of the analysis. First, it was based on an assumption that microsatellite heterozygosity indicates long-term effective population size, whereas in actuality these markers evolve quickly and are sensitive to demographic events. Second, it included both ancient polyploids and non-polyploids, the former of which did not gain their current genome sizes through the accumulation of slightly deleterious mutations as required in the model. Third, the analysis neglected the tremendous influence that Pleistocene glaciation bottlenecks had on heterozygosities in freshwater (and far less so, marine) fishes. In sum, it is apparent that genomes reached their current sizes in most fishes long before contemporary microsatellite heterozygosities were shaped, and that ancient polyploidy rather than the accumulation of mildly deleterious transposon insertions in small populations is the dominant factor that has influenced the large end of the range of genome sizes among fishes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».