Identification and characterization of a new carbonic anhydrase in the marine diatom <i>Phaeodactylum tricornutum</i>
Notice bibliographique
Résumé
A cDNA encoding a new isoenzyme of β-type carbonic anhydrase (CA; EC 4.2.1.1) in the marine diatom Phaeodactylum tricornutum Bohlin has been cloned. The cDNA contained an open reading frame of 819 bp, which encodes a polypeptide of 273 amino acids. This gene, which is designated as ptca2, was found to be highly homologous (83% at the nucleotide level) to the previously isolated intracellular β-CA gene from Phaeodactylum tricornutum (ptca1). Comparison of the deduced amino acid sequence of ptca2 with β-CAs from other sources demonstrated that PtCA2 possesses the completely conserved zinc coordination residues of β-CA. The N-terminus 19 amino acid sequence of PtCA2 was predicted to be an endoplasmic reticulum-targeting signal, suggesting localization of the protein in an organelle or in the periplasmic space. Quantitative analysis of mRNA accumulation of ptca2 using real-time polymerase chain reaction revealed a significant level of mRNA accumulation even under 5% CO2 and a 3.5-fold increase in accumulation upon acclimation of the diatom to air. This indicates that ptca2 belongs to a constitutive class of enzyme that responds only weakly to the ambient CO2 concentration. The sequences of both ptca1 and ptca2 were shown to be grouped into a phylogeny that is composed of mixture of sequences from the eucarya and procarya domains, including sequences from the red alga Porphyridium purpureum, the green alga Coccomyxa, the red mold Neurospora crassa, and the yeast Saccharomyces cerevisiae.Key words: carbonic anhydrase, marine diatom, inorganic carbon concentrating mechanism (CCM), Phaeodactylum tricornutum.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».