Global gene expression profiling of<i>Ehrlichia ruminantium</i>at different stages of development
Notice bibliographique
Résumé
Ehrlichia ruminantium (ER), the causative agent of heartwater on ruminants, is an obligate intracellular bacterium transmitted by ticks of the genus Amblyomma. Previous studies have shown that early stages of development may be critical for Ehrlichia pathogenicity. To gain insights into the biology of intracellular ER, we determined the genome-wide transcriptional profile of ER replicating inside bovine aortic endothelial cells using DNA microarrays. At intermediate and late stages of infection (reticulate and elementary bodies, respectively), a total of 54 genes were differentially expressed. Among them, we measured by q-RTPCR the overexpression of 11 of 14 genes. A number of genes involved in metabolism, nutrient exchange, and defense mechanisms, including those involved in resistance to oxidative stress, were significantly induced in ER reticulate bodies. This is consistent with the oxidative stress condition and nutrient starvation that seem to occur in Ehrlichia-containing vacuoles. During the lysis stage of development, when ER is infectious, we showed the overexpression of a transcription factor, dksA, which is also known to induce virulence in other pathogens such as Salmonella typhimurium. Our results suggest a possible role of these genes in promoting ER development and pathogenicity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».