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Enregistrement W2090838220 · doi:10.1101/sqb.2013.77.014738

A Rolling Stone Gathers No Moss, but Resistant Plants Must Gather Their MOSes

2012· review· en· W2090838220 sur OpenAlexaff
Kaeli Johnson, Oliver Xiaoou Dong, Yan Huang, Xin Li

Notice bibliographique

RevueCold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology · 2012
Typereview
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant-Microbe Interactions and Immunity
Établissements canadiensCanada's Michael Smith Genome Sciences CentreUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGeneBiologyPositional cloningMutantGeneticsGenetic screenComplementationInnate immune systemEffectorSuppressorCell biologyR genePlant disease resistanceImmune system

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The detection of pathogenic microbes by plant resistance (R) proteins and the subsequent activation of R protein-mediated immunity constitute an important layer in the plant innate immune system. Most R genes encode proteins with nucleotide-binding (NB) and leucine-rich repeat (LRR) domains. The autoimmune mutant suppressor of npr1, constitutive 1 (snc1), that constitutively activates resistance signaling, is a unique model used in our laboratory to dissect the details of TIR (Toll/Interleukin1 receptor)-NB-LRR, protein-mediated defense responses. Suppressor screens of snc1 yielded 15 modifier of snc1 (mos) complementation groups containing second-site mutations, and resulted in the identification of 13 novel MOS genes via either positional cloning or T-DNA tagging. Characterizations of the mos mutants have revealed important roles for transcriptional regulation, RNA processing, protein modifications, and nucleocytoplasmic trafficking in R protein-mediated immunity. The MOS genes have taught us a great deal about the complex mechanisms surrounding R protein activation. Future in-depth genetic and biochemical analyses will further enhance our knowledge of how R proteins are deliberately activated and how specific, targeted immunity is achieved in plants.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,002
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,003

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,084
Tête enseignante GPT0,303
Écart entre enseignants0,220 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations51
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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