Protein denaturation <i>in vacuo</i>: Mechanism for centrifugal unfolding of neutral lysozyme
Notice bibliographique
Résumé
Experiments on anhydrous proteins diffusing in a low-pressure gas reveal transitions that share common features with the unfolding and refolding processes observed in solution. These phenomena force us to re-evaluate the specific role played by solvent on large-scale protein rearrangements. Computer simulations, in combination with tools for molecular shape analysis, provide insights into in vacuo processes. In this work, we deal with one particular aspect of this problem: the conditions and the mechanism for spontaneous unfolding in a globally neutral protein. When coupling the protein to a simulated thermal bath, the flow of energy between rotational modes and internal modes can produce a centrifugal effect leading to unfolding. Using hen lysozyme as a system, we study the reproducibility of the unfolding transition and its dependence on the bath relaxation constant. In addition, we monitor the evolution of large-scale molecular shape features (e.g., chain entanglements) that take place during unfolding. Our results show that a change in bath relaxation constant affects the time scale of the transition and the population of intermediates, without changing the basic unfolding mechanism. We also discuss possible cycles of unfolding–refolding transitions, and their implications for our understanding of the denatured state.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».