Effects of Metal-Binding Loop Mutations on Ligand Binding to Calcium- and Integrin-Binding Protein 1. Evolution of the EF-Hand?
Notice bibliographique
Résumé
Calcium- and integrin-binding protein 1 (CIB1) is a ubiquitous, multifunctional regulatory protein consisting of four helix-loop-helix EF-hand motifs. Neither EF-I nor EF-II binds divalent metal ions; however, EF-III is a mixed Mg2+/Ca2+-binding site, and EF-IV is a higher-affinity Ca2+-specific site. Through the generation of several CIB1 mutant proteins, we have investigated the importance of the last (-Z) metal-coordinating position of EF-III (D127) and EF-IV (E172) with respect to the binding of CIB1 to Mg2+, Ca2+, and its biological target, the cytoplasmic domain of the platelet alphaIIb integrin. A D127N mutant had reduced Mg2+ and Ca2+ affinity at EF-III but retained affinity for the alphaIIb domain. A D127E mutant had increased Mg2+ and Ca2+ affinity at EF-III, but unexpectedly, the affinity for the alphaIIb domain was too low for binding to be observed. E172Q and E172D mutants showed no and weak Mg2+ binding at EF-IV, respectively, and each mutant had reduced Ca2+ affinity at EF-IV and showed moderate metal-dependent differences in affinity for the alphaIIb domain. Finally, a D127Q mutant bound Mg2+ and Ca2+ in a manner similar to that of D127N, but like that of D127E, the affinity for the alphaIIb domain was reduced below the detection limit. These data, combined with a NMR-based structural comparison of the Mg2+- and Ca2+-loaded CIB1-alphaIIb peptide complexes, suggest that the D127E and D127Q mutations have a disruptive effect on alphaIIb binding since they expand the metal-binding loop and change the alpha-helix positions in EF-III. Conversely, upon replacement of the ancestral Glu with Asp at the -Z position of EF-III, CIB1 gained affinity for alphaIIb, and the Ca2+ affinity of CIB1 shifted into a range where the protein is able to act as an intracellular Ca2+ sensor.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».