SjTPdb: integrated transcriptome and proteome database and analysis platform for Schistosoma japonicum
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Schistosoma japonicum is one of the three major blood fluke species, the etiological agents of schistosomiasis which remains a serious public health problem with an estimated 200 million people infected in 76 countries. In recent years, enormous amounts of both transcriptomic and proteomic data of schistosomes have become available, providing information on gene expression profiles for developmental stages and tissues of S. japonicum. Here, we establish a public searchable database, termed SjTPdb, with integrated transcriptomic and proteomic data of S. japonicum, to enable more efficient access and utility of these data and to facilitate the study of schistosome biology, physiology and evolution. DESCRIPTION: All the available ESTs, EST clusters, and the proteomic dataset of S. japonicum are deposited in SjTPdb. The core of the database is the 8,420 S. japonicum proteins translated from the EST clusters, which are well annotated for sequence similarity, structural features, functional ontology, genomic variations and expression patterns across developmental stages and tissues including the tegument and eggshell of this flatworm. The data can be queried by simple text search, BLAST search, search based on developmental stage of the life cycle, and an integrated search for more specific information. A PHP-based web interface allows users to browse and query SjTPdb, and moreover to switch to external databases by the following embedded links. CONCLUSION: SjTPdb is the first schistosome database with detailed annotations for schistosome proteins. It is also the first integrated database of both transcriptome and proteome of S. japonicum, providing a comprehensive data resource and research platform to facilitate functional genomics of schistosome. SjTPdb is available from URL: http://function.chgc.sh.cn/sj-proteome/index.htm.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».