Discriminating nucleosomes containing histone H2A.Z or H2A based on genetic and epigenetic information
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Nucleosomes are nucleoproteic complexes, formed of eight histone molecules and DNA, and they are responsible for the compaction of the eukaryotic genome. Their presence on DNA influences many cellular processes, such as transcription, DNA replication, and DNA repair. The evolutionarily conserved histone variant H2A.Z alters nucleosome stability and is highly enriched at gene promoters. Its localization to specific genomic loci in human cells is presumed to depend either on the underlying DNA sequence or on a certain epigenetic modification pattern. RESULTS: We analyzed the differences in histone post-translational modifications and DNA sequences near nucleosomes that do or do not contain H2A.Z. We show that both the epigenetic context and underlying sequences can be used to classify nucleosomal regions, with highly significant accuracy, as likely to either contain H2A.Z or canonical histone H2A. Furthermore, our models accurately recapitulate the observed nucleosome occupancy near the transcriptional start sites of human promoters. CONCLUSION: We conclude that both genetic and epigenetic features are likely to participate in targeting H2A.Z to distinct chromatin loci.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle