First report of <i>Coleus blumei</i> viroid from coleus in China
Notice bibliographique
Résumé
Viroids have been found in coleus in Brazil, Germany, Canada and Japan. Since coleus is a common ornamental plant in China, plants were examined for viroid infection. In January 2005, 11 symptomless plants of Coleus blumei cv. Wizard, pink, scarlet or purple in colour, were purchased from Huaxiang flower market in Haidian district in Beijing. Low-molecular-weight RNAs were extracted (Li et al., 1995) and were identified as Coleus blumei viroid (CbVd). All of the samples were CbVd-positive by return-polyacrylamide gel electrophoresis (Return-PAGE) and dot-blot hybridization using a digoxigenin-labelled CbVd RNA probe (Ishiguro et al., 1996). A 254-bp DNA fragment was amplified from all the samples by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) using forward (5′-TGGATCCAGC GCTGCAACGGAATCCA-3′) and reverse (5′-TTGGATCCGCCAGGGAACCCAGGTAAG-3′) primers, based on the first reported sequence of CbVd1 (GenBank accession X52960; Spieker et al., 1990). To confirm the sequence of the primer regions, an additional set of primers, forward (5′-TTGGATCCTCCTGGTTCGCTGACCCG-3′) and reverse (5′-TTGGATCCCC TTTGCAATCGCTCGCG-3′), were also used for RT-PCR. The amplified products from five of the 11 coleus samples were digested with BamHI (the underlined sequence in the primers) and cloned into BamHI site of pGEM3zf(+) (Promega) for sequencing. Alignment of five sequences (GenBank DQ178395-178399) showed 99·2, 99·2, 98, 97·6 and 98·4% identity to CbVd1 accession X52960, and 87·6, 88·0, 85·6, 85·2 and 86·0% to a tentative member CbVd1-RG (Spieker, 1996), respectively. Further investigations were carried out in October 2005, with 25 out of the 27 samples from 14 coleus producers in Beijing and Tianjin found to be infected with viroid using return-PAGE analysis. These results indicated that coleus in commercial markets in Beijing and Tianjin, China, are highly infected with CbVd1. These results stress the need for a certification programme to help control the spread of flower viroids in China.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».