Nanopore analysis of the interaction of metal ions with prion proteins and peptidesThis paper is one of a selection of papers published in this special issue entitled “Canadian Society of Biochemistry, Molecular & Cellular Biology 52nd Annual Meeting — Protein Folding: Principles and Diseases” and has undergone the Journal's usual peer review process.
Notice bibliographique
Résumé
Nanopore analysis can be used to study conformational changes in individual peptide or protein molecules. Under an applied voltage there is a change in the event parameters of blockade current or time when a molecule bumps into or translocates through the pore. If a molecule undergoes a conformational change upon binding a ligand or metal ion the event parameters will be altered. The objective of this research was to demonstrate that the conformation of the prion protein (PrP) and prion peptides can be modulated by binding divalent metal ions. Peptides from the octarepeat region (Octa2, (PHGGGWGQ)2 and Octa 4, (PHGGGWGQ)4), residues 106-126 (PrP106-126), and the full-length Bovine recombinant prion (BrecPrP) were studied with an alpha-hemolysin pore. Octa2 readily translocated the pore but significant bumping events occurred on addition of Cu(II) and to a lesser extent Zn(II), demonstrating that complex formation was occurring with concomitant conformational changes. The binding of Cu(II) to Octa4 was more pronounced and at high concentrations only a small proportion of the complex could translocate. Addition of Zn(II) also caused significant changes to the event parameters but Mg(II) and Mn(II) were inert. Addition of Cu(II) to PrP106-126 caused the formation of a very tight complex, which could not translocate the pore. Small changes were observed with Zn(II), but not with Mg(II) or Mn(II). Analysis of BrecPrP showed that about 37% were translocation events, but on addition of Cu(II) or Zn(II) these disappeared and only bumping events were recorded. Suprisingly, addition of Mn(II) caused an increase in translocation events to about 64%. Thus, conformational changes to prions upon binding metal ions are readily observed by nanopore analysis.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».