The Biologically Relevant Targets and Binding Affinity Requirements for the Function of the Yeast Actin-Binding Protein 1 Src-Homology 3 Domain Vary With Genetic Context
Notice bibliographique
Résumé
Many protein-protein interaction domains bind to multiple targets. However, little is known about how the interactions of a single domain with many proteins are controlled and modulated under varying cellular conditions. In this study, we investigated the in vivo effects of Abp1p SH3 domain mutants that incrementally reduce target-binding affinity in four different yeast mutant backgrounds in which Abp1p activity is essential for growth. Although the severity of the phenotypic defects observed generally increased as binding affinity was reduced, some genetic backgrounds (prk1 Delta and sla1 Delta) tolerated large affinity reductions while others (sac6 Delta and sla2 Delta) were much more sensitive to these reductions. To elucidate the mechanisms behind these observations, we determined that Ark1p is the most important Abp1p SH3 domain interactor in prk1 Delta cells, but that interactions with multiple targets, including Ark1p and Scp1p, are required in the sac6 Delta background. We establish that the Abp1p SH3 domain makes different, functionally important interactions under different genetic conditions, and these changes in function are reflected by changes in the binding affinity requirement of the domain. These data provide the first evidence of biological relevance for any Abp1p SH3 domain-mediated interaction. We also find that considerable reductions in binding affinity are tolerated by the cell with little effect on growth rate, even when the actin cytoskeletal morphology is significantly perturbed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».