Structural basis of clade‐specific HIV‐1 neutralization by humanized anti‐V3 monoclonal antibody KD‐247
Notice bibliographique
Résumé
Humanized monoclonal antibody KD‐247 targets the Gly 312 ‐Pro 313 ‐Gly 314 ‐Arg 315 arch of the third hypervariable (V3) loop of the HIV‐1 surface glycoprotein. It potently neutralizes many HIV‐1 clade B isolates, but not of other clades. To understand the molecular basis of this specificity, we solved a high‐resolution (1.55 Å) crystal structure of the KD‐247 antigen binding fragment and examined the potential interactions with various V3 loop targets. Unlike most antibodies, KD‐247 appears to interact with its target primarily through light chain residues. Several of these interactions involve Arg 315 of the V3 loop. To evaluate the role of light chain residues in the recognition of the V3 loop, we generated 20 variants of KD‐247 single‐chain variable fragments with mutations in the antigen‐binding site. Purified proteins were assessed for V3 loop binding using Alpha‐Screen technology and for HIV‐1 neutralization. Our data revealed that recognition of the clade‐specificity defining residue Arg 315 of the V3 loop is based on a network of interactions that involve Tyr L32 , Tyr L92 , and Asn L27d that directly interact with Arg 315 , thus elucidating the molecular interactions of KD‐247 with its V3 loop target—Kirby, K. A., Ong, Y. T., Hachiya, A., Laughlin, T. G., Chiang, L. A., Pan, Y., Moran, J. L., Marchand, B., Singh, K., Gallazzi, F., Quinn, T. P., Yoshimura, K., Murakami, T., Matsushita, S., Sarafianos, S. G., Structural basis of clade‐specific HIV‐1 neutralization by humanized anti‐V3 monoclonal antibody KD‐247. FASEB J. 29, 70–80 (2015). www.fasebj.org
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».