Characterization of Extradiol Dioxygenases from a Polychlorinated Biphenyl-Degrading Strain That Possess Higher Specificities for Chlorinated Metabolites
Notice bibliographique
Résumé
Recent studies demonstrated that 2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase from Burkholderia sp. strain LB400 (DHBDLB400; EC 1.13.11.39) cleaves chlorinated 2,3-dihydroxybiphenyls (DHBs) less specifically than unchlorinated DHB and is competitively inhibited by 2',6'-dichloro-2,3-dihydroxybiphenyl (2',6'-diCl DHB). To determine whether these are general characteristics of DHBDs, we characterized DHBDP6-I and DHBDP6-III, two evolutionarily divergent isozymes from Rhodococcus globerulus strain P6, another good polychlorinated biphenyl (PCB) degrader. In contrast to DHBDLB400, both rhodococcal enzymes had higher specificities for some chlorinated DHBs in air-saturated buffer. Thus, DHBDP6-I cleaved the DHBs in the following order of specificity: 6-Cl DHB > 3'-Cl DHB approximately DHB approximately 4'-Cl DHB > 2'-Cl DHB > 4-Cl DHB > 5-Cl DHB. It also cleaved its preferred substrate, 6-Cl DHB, three times more specifically than DHB. Interestingly, some of the worst substrates for DHBDP6-I were among the best for DHBDP6-III (4-Cl DHB > 5-Cl DHB approximately 6-Cl DHB approximately 3'-Cl DHB > DHB > 2'-Cl DHB approximately 4'-Cl DHB; DHBDP6-III cleaved 4-Cl DHB two times more specifically than DHB). Generally, each of the monochlorinated DHBs inactivated the enzymes more rapidly than DHB. The exceptions were 4-Cl DHB for DHBDP6-I and 2'-Cl DHB for DHBDP6-III. As observed in DHBDLB400, chloro substituents influenced the reactivity of the dioxygenases with O2. For example, the apparent specificities of DHBDP6-I and DHBDP6-III for O2 in the presence of 2'-Cl DHB were lower than those in the presence of DHB by factors of >60 and 4, respectively. DHBDP6-I and DHBDP6-III shared the relative inability of DHBDLB400 to cleave 2',6'-diCl DHB (apparent catalytic constants of 0.088 +/- 0.004 and 0.069 +/- 0.002 s(-1), respectively). However, these isozymes had remarkably different apparent K(m) values for this compound (0.007 +/- 0.001, 0.14 +/- 0.01, and 3.9 +/- 0.4 micro M for DHBDLB400, DHBDP6-I, and DHBDP6-III, respectively). The markedly different reactivities of DHBDP6-I and DHBDP6-III with chlorinated DHBs undoubtedly contribute to the PCB-degrading activity of R. globerulus P6.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».