Association of the Cytotoxic T Lymphocyte-Associated Antigen 4 Gene with Type 1 Diabetes: Evidence for Independent Effects of Two Polymorphisms on the Same Haplotype Block
Notice bibliographique
Résumé
A recent study mapped the known association of type 1 diabetes with the cytotoxic T lymphocyte-associated antigen 4 gene to a polymorphism at the 3'end (+6230G>A), but could not rule out additional contribution from the 5' end of the gene. To examine this possibility, we analyzed four polymorphisms at the 5'-flanking region for effects independent of +6230G>A. We confirm, by the transmission disequilibrium test, in 496 family trios overtransmission of the susceptibility allele (G) at +6230 (217/168; P = 0.013). Of the four promoter polymorphisms, one (-319C>T) showed overtransmission of the C allele (97/58; P = 0.0017). Because the undertransmitted T at the promoter is in linkage disequilibrium with the overtransmitted G at +6230G>A, the effect observed at the promoter cannot be accounted for by linkage disequilibrium with the +6230G>A. We confirm this by showing that parents heterozygous at the promoter but homozygous at +6230 overtransmit the C promoter allele even more significantly (53/24; P = 9 x 10(-4)). In vitro, the T promoter allele directs higher luciferase expression in Jurkat cells by 42% (P = 0.006), a difference also found in lymphocyte mRNA from eight individuals heterozygous at the promoter, but homozygous at +6230 (P = 1.3 x 10(-4)). Thus, the +6230G>A cannot be the sole functional variant. Either the two polymorphisms define a haplotype carrying the (yet unexamined) functional variant or the -319C>T contributes to the genetic association independently, a possibility suggested by the functional evidence we present.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».