Draft genome sequence of the Daphnia pathogen Octosporea bayeri: insights into the gene content of a large microsporidian genome and a model for host-parasite interactions
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The highly compacted 2.9-Mb genome of Encephalitozoon cuniculi placed the microsporidia in the spotlight, encoding a mere 2,000 proteins and a highly reduced suite of biochemical pathways. This extreme level of reduction is not universal across the microsporidia, with genomes known to vary up to sixfold in size, suggesting that some genomes may harbor a gene content that is not as reduced as that of Enc. cuniculi. In this study, we present an in-depth survey of the large genome of Octosporea bayeri, a pathogen of Daphnia magna, with an estimated genome size of 24 Mb, in order to shed light on the organization and content of a large microsporidian genome. RESULTS: Using Illumina sequencing, 898 Mb of O. bayeri genome sequence was generated, resulting in 13.3 Mb of unique sequence. We annotated a total of 2,174 genes, of which 893 encodes proteins with assigned function. The gene density of the O. bayeri genome is very low on average, but also highly uneven, so gene-dense regions also occur. The data presented here suggest that the O. bayeri proteome is well represented in this analysis and is more complex that that of Enc. cuniculi. Functional annotation of O. bayeri proteins suggests that this species might be less biochemically dependent on its host for its metabolism than its more reduced relatives. CONCLUSIONS: The combination of the data presented here, together with the imminent annotated genome of Daphnia magna, will provide a wealth of genetic and genomic tools to study host-parasite interactions in an interesting model for pathogenesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».