Optimization of a Fluorescence-based Lysozyme Activity Assay for Contact Lens Studies
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE: To optimize a fluorescence-based lysozyme activity assay to investigate the conformational state of lysozyme in solution and to determine the impact of extraction and evaporation procedures and the possible interference of contact lens materials on lysozyme activity. METHODS: The fluorescence-based lysozyme activity assay, Enzchek (Molecular Probes Inc, Eugene, OR) which utilizes fluorescently quenched Micrococcus lysodeikticus, was compared to the gold standard, classical lysozyme turbidity assay, using four differently concentrated lysozyme samples (20, 10, 5.0 and 2.0 ng/µL). Furthermore, six differently concentrated lysozyme samples (2.0, 1.0, 0.5, 0.25, 0.125 and 0.01 µg/µL) were quantified using the fluorescence-based assay in the presence of extraction solvents consisting of 0.2% and 0.02% trifluroacetic acid/acetonitrile and following evaporation procedures. RESULTS: A standard curve was generated by the fluorescence-based assay ranging from 2 to 150 ng. The total active lysozyme quantified in the four lysozyme samples was not significantly different between the two assays (p > 0.05) and the concordance correlation coefficient was determined to be 0.995. However an average discrepancy between the two assays was found to be 0.474 ng, with the turbidity assay typically reporting higher active lysozyme measurements. The sensitivity of the fluorescence-based assay was higher than the classical turbidity assay when quantifying 20 ng or less active lysozyme. Following the extraction and evaporation procedures and the addition of lens extracts, the total active lysozyme recovered was 95% or greater. CONCLUSIONS: In comparison to the classical turbidity assay, the fluorescence-based assay is a very sensitive method, making it a favorable technique, particularly when studying contact lens materials that deposit relatively low levels of lysozyme.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».