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Enregistrement W2099326239 · doi:10.1038/ng.2568

Sequencing of the sea lamprey (Petromyzon marinus) genome provides insights into vertebrate evolution

2013· article· en· W2099326239 sur OpenAlex
Jeramiah J. Smith, Shigehiro Kuraku, Carson Holt, Tatjana Sauka‐Spengler, Ning Jiang, Michael S. Campbell, Mark Yandell, Tereza Manousaki, Axel Meyer, Ona Bloom, Jennifer R. Morgan, Joseph D. Buxbaum, Ravi Sachidanandam, Carrie A. Sims, Alexander S. Garruss, Malcolm Cook, Robb Krumlauf, Leanne M. Wiedemann, Stacia A. Sower, Wayne A. Decatur, Jeffrey A. Hall, Chris T. Amemiya, Nil Ratan Saha, Katherine M. Buckley, Jonathan P. Rast, Sabyasachi Das, Masayuki Hirano, Nathanael McCurley, Peng Guo, Nicolas Rohner, Clifford J. Tabin, Paul Piccinelli, Greg Elgar, Magali Ruffier, Bronwen Aken, Stephen M. J. Searle, Matthieu Muffato, Miguel Pignatelli, Javier Herrero, Matthew C. Jones, C. Titus Brown, Yu‐Wen Chung‐Davidson, Kaben G. Nanlohy, Scot Libants, Chu‐Yin Yeh, David W. McCauley, James A. Langeland, Zeev Pancer, Bernd Fritzsch, Pieter J. de Jong, Baoli Zhu, Lucinda Fulton, Brenda Theising, Paul Flicek, Marianne Bronner‐Fraser, Wesley C. Warren, Sandra W. Clifton, Richard K. Wilson, Weiming Li

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueNature Genetics · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Phylogenetic Studies
Établissements canadiensSunnybrook Health Science CentreUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Center for Research ResourcesNational Institute of Dental and Craniofacial ResearchNational Science FoundationUniversity of WashingtonCanadian Institutes of Health ResearchCollege of Engineering, Michigan State UniversityNew Hampshire Agricultural Experiment StationNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaNational Human Genome Research InstituteWellcome TrustU.S. Geological SurveyStowers Institute for Medical ResearchNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Institute of General Medical SciencesUniversity of UtahMichigan State UniversityNational Institutes of Health
Mots-clésLampreyBiologyVertebratePetromyzonGenomeEvolutionary biologyLineage (genetic)PhylumPhylogeneticsExtant taxonGeneticsGenePaleontology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Jeramiah Smith, Weiming Li and colleagues report the whole-genome sequence of the sea lamprey, Petromyzon marinus, representing a vertebrate lineage diverged from humans ~500 million years ago. Their analyses define key evolutionary events in vertebrate lineages and provide evidence for two whole-genome duplication events occurring before the divergence of the ancestral lamprey and jawed vertebrate (gnathostome) lineages. Lampreys are representatives of an ancient vertebrate lineage that diverged from our own ∼500 million years ago. By virtue of this deeply shared ancestry, the sea lamprey (P. marinus) genome is uniquely poised to provide insight into the ancestry of vertebrate genomes and the underlying principles of vertebrate biology. Here, we present the first lamprey whole-genome sequence and assembly. We note challenges faced owing to its high content of repetitive elements and GC bases, as well as the absence of broad-scale sequence information from closely related species. Analyses of the assembly indicate that two whole-genome duplications likely occurred before the divergence of ancestral lamprey and gnathostome lineages. Moreover, the results help define key evolutionary events within vertebrate lineages, including the origin of myelin-associated proteins and the development of appendages. The lamprey genome provides an important resource for reconstructing vertebrate origins and the evolutionary events that have shaped the genomes of extant organisms.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,377
Score d'incertitude au seuil0,587

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,201
Écart entre enseignants0,196 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle