Analysis of intergenic spacer transcripts suggests 'read-around' transcription of the extrachromosomal circular rDNA in Euglena gracilis
Notice bibliographique
Résumé
We report here the sequence of the 1743 bp intergenic spacer (IGS) that separates the 3'-end of the large subunit ribosomal RNA (rRNA) gene from the 5'-end of the small subunit (SSU) rRNA gene in the circular, extrachromosomal ribosomal DNA (rDNA) of Euglena gracilis. The IGS contains a 277 nt stretch of sequence that is related to a sequence found in ITS 1, an internal transcribed spacer between the SSU and 5.8S rRNA genes. Primer extension analysis of IGS transcripts identified three abundant reverse transcriptase stops that may be analogous to the transcription initiation site (TIS) and two processing sites (A' and A0) that are found in this region in other eukaryotes. Features that could influence processing at these sites include an imperfect palindrome near site A0 and a sequence near site A' that could potentially base pair with U3 small nucleolar RNA. Our identification of the TIS (verified by mung bean nuclease analysis) is considered tentative because we also detected low-abundance transcripts upstream of this site throughout the entire IGS. This result suggests the possibility of 'read-around' transcription, i.e. transcription that proceeds multiple times around the rDNA circle without termination.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».