Microarray Discovery of New OGT Substrates: The Medulloblastoma Oncogene OTX2 Is <i>O</i>-GlcNAcylated
Notice bibliographique
Résumé
O-GlcNAc transferase (OGT) is a serine/threonine glycosyltransferase that is essential for development and continues to be critically important throughout life. Understanding OGT's complex biology requires identifying its substrates. Here we demonstrate the utility of a microarray approach for discovering novel OGT substrates. We also report a rapid method to validate OGT substrates that combines in vitro transcription-translation with O-GlcNAc mass tagging. Among the validated new OGT targets is Orthodenticle homeobox 2 (OTX2), a transcription factor critical for brain development, which is primarily expressed only during early embryogenesis and in medulloblastomas, where it functions as an oncogene. We show that endogenous OTX2 from a medulloblastoma cell line is O-GlcNAcylated at several sites. Our results demonstrate that protein microarray technology, combined with the target validation strategy we report, is useful for identifying biologically important OGT substrates, including substrates not present in most tissue types or cell lines.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».