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Enregistrement W2100630326 · doi:10.1200/jco.2012.45.3639

Designing Transformative Clinical Trials in the Cancer Genome Era

2013· review· en· W2100630326 sur OpenAlexaff
Stefan Sleijfer, Jan Bogaerts, Lillian L. Siu

Notice bibliographique

RevueJournal of Clinical Oncology · 2013
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer Genomics and Diagnostics
Établissements canadiensPrincess Margaret Cancer Centre
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésKRASMedicineClinical trialGenotypingPrecision medicinePersonalized medicineBreast cancerComputational biologyCancerBioinformaticsColorectal cancerInternal medicineBiologyGenePathologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The incorporation of molecular profiling into routine clinical practice has already been adopted in some tumor types, such as human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) testing in breast cancer and KRAS genotyping in colorectal cancer, providing a guide to treatment selection that is not afforded by histopathologic diagnosis alone. It is inevitable that over time, with rapid advances in scientific knowledge, bioinformatics, and technology to identify oncogenic drivers, molecular profiling will complement histopathologic data to influence management decisions. Emerging technologies such as multiplexed somatic mutation genotyping and massive parallel genomic sequencing have become increasingly feasible at point-of-care locations to classify cancers into molecular subsets. Because these molecular subsets may differ substantially between each other in terms of sensitivity or resistance to systemic agents, there is consensus that clinical trials should be more stratified for or be performed only in such molecularly defined subsets. This approach, however, poses challenges for clinical trial designs because smaller numbers of patients would be eligible for such trials, while the number of novel anticancer drugs warranting further clinical exploration is rapidly increasing. This article provides an overview of the emerging methodologic challenges in the cancer genome era and offers some potential solutions for transforming clinical trial designs so they can identify new active anticancer regimens in molecularly defined subgroups as efficiently as possible.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,038
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,051
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,038
Score d'incertitude au seuil0,200

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0380,051
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,001
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0000,004
Communication savante0,0030,005
Science ouverte0,0030,002
Intégrité de la recherche0,0050,008
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,443
Tête enseignante GPT0,592
Écart entre enseignants0,149 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations156
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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