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Enregistrement W2100721190 · doi:10.1371/journal.pone.0094661

Gene-Wide Analysis Detects Two New Susceptibility Genes for Alzheimer's Disease

2014· article· en· W2100721190 sur OpenAlexafffund
Valentina Escott‐Price, Céline Bellenguez, Li‐San Wang, Seung‐Hoan Choi, Denise Harold, Lesley Jones, Peter Holmans, Amy Gerrish, Alexey Vedernikov, Alexander Richards, Anita L. DeStefano, Jean‐Charles Lambert, Carla A. Ibrahim‐Verbaas, Adam C. Naj, Rebecca Sims, Gyungah Jun, Joshua C. Bis, Gary W. Beecham, Benjamin Grenier‐Boley, Giancarlo Russo, Tricia A. Thornton‐Wells, Nicola Denning, Albert V. Smith, Vincent Chouraki, Charlene Thomas, M. Arfan Ikram, Diana Zélénika, Badri N. Vardarajan, Chiao‐Feng Lin, Helena Schmidt, Brian W. Kunkle, Melanie Dunstan, Maria Vronskaya, Andrew D. Johnson, Agustı́n Ruiz, Marie‐Thérèse Bihoreau, Christiane Reitz, Florence Pasquier, Paul Hollingworth, Olivier Hanon, Annette L. Fitzpatrick, Joseph D. Buxbaum, Dominique Campion, Paul K. Crane, Clinton T. Baldwin, Tim Becker, Vilmundur Guðnason, Carlos Cruchaga, David Craig, Najaf Amin, Claudine Berr, Philip L. De Jager, Vincent Deramecourt, Janet Johnston, Denis A. Evans, Simon Lovestone, Luc Letenneur, Isabel Hernández, David C. Rubinsztein, Gudny Eiriksdottir, Kristel Sleegers, Alison Goate, Nathalie Fiévet, Matthew J. Huentelman, Michael Gill, Kristelle Brown, M. Ilyas Kamboh, Lina Keller, Pascale Barberger‐Gateau, Bernadette McGuinness, Eric B. Larson, Amanda Myers, Carole Dufouil, Stephen Todd, David Wallon, Seth Love, Ekaterina Rogaeva, John Gallacher, Peter St George‐Hyslop, Jordi Clarimón, Alberto Lleó, Debby W. Tsuang, Lei Yu, Magda Tsolaki, Paola Bossù, Gianfranco Spalletta, John Collinge, Sandro Sorbi, Florentino Sánchez-García, Nick C. Fox, John Hardy, María Cándida Déniz Naranjo, Paolo Bosco, Robert Clarke, Carol Brayne, Daniela Galimberti, Elio Scarpini, Ubaldo Bonuccelli, Michelangelo Mancuso, Gabriele Siciliano, Susanne Moebus, Patrizia Mecocci, Maria Del Zompo, Wolfgang Maier, Harald Hampel, Alberto Pilotto, Ana Frank, Francesco Panza, Vincenzo Solfrizzi, Paolo Caffarra, Benedetta Nacmias, William Perry, Manuel Mayhaus, Lars Lannfelt, Håkon Håkonarson, Sabrina Pichler, Minerva M. Carrasquillo, Martin Ingelsson, Duane Beekly, Victoria Álvarez, Fanggeng Zou, Otto Valladares, Steven G. Younkin, Eliécer Coto, Kara L. Hamilton‐Nelson, Wei Gu, Cristina Razquín, Pau Pástor, Ignacio Mateo, Michael J. Owen, Kelley M. Faber, Pálmi V. Jónsson, Onofre Combarros, Michael O‘Donovan, Laura B. Cantwell, Hilkka Soininen, Deborah Blacker, Simon Mead, Thomas H. Mosley, David A. Bennett, Tamara B. Harris, Laura Fratiglioni, Clive Holmes, Renée F.A.G. de Bruijn, Peter Passmore, Thomas J. Montine, Karolien Bettens, Jerome I. Rotter, Alexis Brice, Kevin Morgan, Tatiana Foroud, Walter A. Kukull, Didier Hannequin, John Powell, Michael A. Nalls, Karen Ritchie, Kathryn L. Lunetta, John S.K. Kauwe, Eric Boerwinkle, Merçé Boada, Mikko Hiltunen, Eden R. Martin, Reinhold Schmidt, Dan Rujescu, Jean‐François Dartigues, Richard Mayeux, Christophe Tzourio, Albert Hofman, Markus M. Nöthen, Caroline Graff, Bruce M. Psaty, Jonathan L. Haines, Mark Lathrop, Margaret A. Pericak‐Vance, Lenore J. Launer, Christine Van Broeckhoven, Lindsay A. Farrer, Cornelia M. van Duijn, Alfredo Ramı́rez, Sudha Seshadri, Gerard D. Schellenberg, Philippe Amouyel, Julie Williams

Notice bibliographique

RevuePLoS ONE · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAlzheimer's disease research and treatments
Établissements canadiensOccupational Cancer Research CentreMcGill University and Génome Québec Innovation CentreUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Center for Advancing Translational SciencesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNational Center for Research ResourcesNational Institute of General Medical SciencesNational Cancer InstituteNational Human Genome Research InstituteNational Institute of Mental HealthNational Institute on AgingInstituto de Salud Carlos IIIMenzies Centre for Australian Studies, King's College London, University of LondonUniversity of California, San FranciscoUniversity of California, DavisNational Institutes of HealthHeinz Nixdorf StiftungHjartaverndH. Lundbeck A/SKarl-Franzens-Universität GrazUniversity of PennsylvaniaAustrian Science FundMedizinische Universität GrazInternationale Stichting Alzheimer OnderzoekNational Institute of Child Health and Human DevelopmentHersenstichtingMedical Research CouncilSwedish Brain PowerNational Institute of Neurological Disorders and StrokeLlywodraeth CymruDeutsches Zentrum für Neurodegenerative ErkrankungenNational Heart, Lung, and Blood InstituteNorth Bristol NHS TrustVetenskapsrådetUniversity of PittsburghStockholms Läns LandstingMarcus och Amalia Wallenbergs minnesfondErasmus Medisch CentrumBundesministerium für Bildung und ForschungKarolinska InstitutetZonMwAgence Nationale de la RechercheSchool of Medicine, Boston UniversityEuropean CommissionCentro de Biología Molecular Severo OchoaCardiff UniversityAlzheimer's Research TrustUniversity of California, IrvineUniversity College London Hospitals NHS Foundation TrustUniversity of California, Los AngelesUniversity of WashingtonUniversity of California, San DiegoJohns Hopkins UniversityNational Institute on Deafness and Other Communication DisordersRush UniversityUniversity of MiamiYork UniversityNorthwestern UniversityMinistero della SaluteAlzheimer's SocietyNational Eye InstituteNational Institute for Health and Care ResearchAlzheimer SocietyNewcastle UniversityVanderbilt UniversityWellcome TrustUniversity of Southern CaliforniaMassachusetts General HospitalEmory UniversityJuvenile Diabetes Research Foundation International
Mots-clésGeneticsBiologyGeneGenome-wide association studyDiseaseAlzheimer's diseaseDementiaGenomeGenetic associationGenotypeSingle-nucleotide polymorphismMedicinePathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Alzheimer's disease is a common debilitating dementia with known heritability, for which 20 late onset susceptibility loci have been identified, but more remain to be discovered. This study sought to identify new susceptibility genes, using an alternative gene-wide analytical approach which tests for patterns of association within genes, in the powerful genome-wide association dataset of the International Genomics of Alzheimer's Project Consortium, comprising over 7 m genotypes from 25,580 Alzheimer's cases and 48,466 controls. PRINCIPAL FINDINGS: In addition to earlier reported genes, we detected genome-wide significant loci on chromosomes 8 (TP53INP1, p = 1.4×10-6) and 14 (IGHV1-67 p = 7.9×10-8) which indexed novel susceptibility loci. SIGNIFICANCE: The additional genes identified in this study, have an array of functions previously implicated in Alzheimer's disease, including aspects of energy metabolism, protein degradation and the immune system and add further weight to these pathways as potential therapeutic targets in Alzheimer's disease.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,077
Tête enseignante GPT0,320
Écart entre enseignants0,243 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1 406
Publié2014
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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