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Enregistrement W2101254569 · doi:10.1002/ajmg.a.33985

Duplication of the STS region in males is a benign copy‐number variant

2011· article· en· W2101254569 sur OpenAlexaff
Aubry Furrow, Aaron Theisen, Lea Velsher, Erawati V. Bawle, Sujatha Sastry, Nancy J. Mendelsohn, Kristi Jarvis, Lisa G. Shaffer, David Chitayat

Notice bibliographique

RevueAmerican Journal of Medical Genetics Part A · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomic variations and chromosomal abnormalities
Établissements canadiensHospital for Sick ChildrenUniversity of TorontoSickKids FoundationMount Sinai HospitalNorth York General Hospital
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGene duplicationCopy-number variationSteroid sulfataseComparative genomic hybridizationBiologySegmental duplicationGeneticsPopulationGeneGenomeMedicineGene family

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Copy-number variants (CNVs) are a common finding in the human genome, with copy gains occurring at a higher frequency than losses in several databases of genomic variants in normal individuals. Copy gains of the steroid sulfatase (STS) gene have been seen in both males and females. Although deletion of STS in males is known to cause X-linked ichthyosis, the clinical significance of STS copy gains is less clear, with the duplication reported in individuals with abnormal phenotypes and normal relatives. We identified 72 males submitted to our laboratory for microarray-based comparative genomic hybridization with duplications in the STS region (chrX:6,465,812-8,093,195). In 40 (56%) patients, maternal blood was available, and the duplication was found to be inherited from the patient's apparently phenotypically normal mother in each of the 40 patients. We also identified three females who inherited a duplication of the STS region from phenotypically normal fathers, and a phenotypically normal uncle who had the same duplication as his nephews. In the remaining cases the inheritance could not be confirmed owing to lack of parental samples available for testing. Of the 72 subjects, 10 (14%) had an additional CNV elsewhere in the genome known to be clinically significant and likely causative of the patient's presenting symptoms. Based on the frequency with which duplications have been identified in clinically normal and abnormal individuals, we suggest a gain of STS in males is a population variant and unlikely to be clinically significant.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,243
Score d'incertitude au seuil0,240

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,250
Écart entre enseignants0,233 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations21
Publié2011
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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Même revueAmerican Journal of Medical Genetics Part AMême sujetGenomic variations and chromosomal abnormalitiesTravaux en français237 207